Naukowiec z Uniwersytetu Gdańskiego – dr Łukasz Rąbalski jako pierwszy w Polsce uzyskał pełną sekwencję genetyczną koronawirusa SARS-CoV-2. Została ona wyizolowana bezpośrednio od polskiego pacjenta i opublikowana w globalnej bazie danych GISAID.
Jak podkreśliła rzecznik prasowy UG Beata Czechowska-Derkacz, uzyskane dane pozwolą naukowcom z całego świata brać pod uwagę Polskę w swoich badaniach związanych z epidemiologią choroby COVID-19.
– Jest to ważny wkład w poznanie ewolucji molekularnej wirusa i w przyszłości może się przyczynić do wytypowania szczepionki oraz leków. Do tej pory w GISAID, w największej bazie danych, gdzie naukowcy z całego świata umieścili już ponad 5000 sekwencji, nie było ani jednego polskiego izolatu pochodzącego bezpośrednio od pacjenta – dodała.
W sekwencji genetycznej zawarte jest wiele istotnych informacji, m.in. to jak wirus „oszukuje” organizm człowieka, osłabiając jego odporność.
– Dzięki wyizolowaniu takiej sekwencji, czyli odkodowaniu wirusa, możliwe jest lepsze poznanie właściwości wirusa, m.in. jego pochodzenia zarówno w kontekście ewolucyjnym, jak i geograficznym – zwróciła uwagę Czechowska-Derkacz.
Jak odkodowano materiał genetyczny?
Rozkodowanie wirusa od polskiego pacjenta nastąpiło dzięki najnowszej generacji sekwenatorów firmy Oxford Nanopore Technologies. Nie wiązało się to z dodatkowymi procedurami, które mogły wprowadzać zniekształcenia. Zastosowano również protokoły bioinformatyczne, które zostały opracowane przez naukowców ARTIC w celu gromadzenia danych genetycznych w trakcie epidemii wirusa Ebola w Afryce.
– Materiał genetyczny musi spełniać wiele norm jakościowych i ilościowych, aby możliwe było jego odkodowanie. W przypadku wirusów, których materiałem genetycznym jest jednoniciowy RNA stosuje się metody zwielokrotniające ilość materiału genetycznego. Standardowo, do tej pory, działo się to poprzez powielanie cząstek wirusowych w laboratoriach. Obecnie, dzięki osiągnięciom w dziedzinie biologii molekularnej, można zastosować krótszą drogę bez konieczności hodowli wirusa – wyjaśnił dr Rąbalski.
Materiał genetyczny został wyizolowany w Pracowni Biologii Molekularnej Diagnostyki spółki z o.o., mieszczącej się w 7. Szpitalu Marynarki Wojennej w Gdańsku. Jest to laboratorium, które powstało dzięki przekazaniu specjalistycznej aparatury przez Uniwersytet Gdański.
Obecnie naukowcy pracują nad kolejnymi sekwencjami wirusów pochodzących od polskich pacjentów izolowanych w Laboratorium Hematologii Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego w Gdańsku. W ciągu najbliższych dni planowane jest wysyłanie kolejnych sekwencji.
Do wyizolowania i scharakteryzowania wirusa SARS-CoV-2 doprowadził również Zespół Małopolskiego Centrum Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego, we współpracy z zespołem NIZP-PZH w Warszawie. W tamtych badaniach wirus pochodził od pierwszego pacjenta z Polski, jednak uzyskano go z laboratoryjnej hodowli jego komórek, nie bezpośrednio od pacjenta.
Dr Łukasz Rąbalski jest adiunktem w Zakładzie Szczepionek Rekombinowanych Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Gdańskiego i Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego.
Źródło: naukawpolsce.pap.pl
Przeczytaj także: Jak bezpiecznie przywrócić funkcjonowanie kraju podczas epidemii? Eksperci radzą
